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南京市儿童医院创建于1953年4月，前身为南京方济各玛丽亚女修会1936年创办的圣心儿童院。现占地面积28086平方米，建筑面积44651平方米。1990年成为南京大学医学院教学医院，1997年被评为江苏省三级甲等儿童医院， 1999年成为南京医科大学附属医院，是一所集医疗、科研、教学、预防、康复于一体的综合性儿科医学基地。
2016年门急诊量229.3万人次，出院患儿6.97万人次，年手术量2.28万人次，编制床位数1742张。医院现有职工2260名，其中副高以上职称224人，其中主任医师79人，副主任医师145人，博士生导师10人、硕士生导师60人，博士67人、硕士401人，教授10人、副教授29人。
在市委、市政府和市卫计委的关心、支持下，2016年5月30日，河西院区正式开诊，医院正式进入“一院两区”全新时代，其中：广州路院区占地面积2.59万平方米，建筑面积11.25万平方米。河西院区占地83亩，现有建筑面积16.8万平方米。
医院专科齐全，涵盖儿童医疗各个领域。小儿肾脏科、小儿心胸外科为江苏省“科教强卫工程”医学重点学科，儿童保健科为江苏省“科教强卫工程”医学创新团队。心胸外科、心血管内科是南京心血管病临床医学中心。拥有1个国家级临床重点专科（小儿消化科），8个省级临床重点专科（小儿心胸外科、新生儿医疗中心、小儿呼吸内科、小儿肾脏科、小儿外科（含普外科、骨科、神经外科、泌尿外科、烧伤整形科）、急诊医学科、小儿心血管内科、新生儿外科），14个市级临床重点专科（麻醉科、神经内科、血液肿瘤科、内分泌科、耳鼻咽喉科、康复医学科、儿童保健科、骨科、风湿免疫科、眼科、药学部、医学影像科、烧伤整形科、小儿泌尿外科），是江苏省小儿先天性心脏病诊疗中心、江苏省新生儿疾病诊疗中心、江苏省医疗质量控制中心挂靠单位（新生儿医疗中心、小儿外科）、省级第一批“新生儿危急重症救治中心指导中心”，全国临床药师培训基地、省级儿科类紧急医学救援基地、江苏省“儿科危重症临床护理专业”专科护士培训基地、江苏省“畅听行动”人工耳蜗植入定点医院南京市脑瘫儿童康复技术指导中心。
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