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《奥特曼格斗进化3》是奥特曼格斗进化系列的第三部作品。随着游戏的一路走来，游戏的可选角色越来越丰富，画面、技能效果、音效等方面也有了长足的进步，这款作品也将带给大家更好的体验
在这个第三部作品里，新增了很多有趣的模式，每个模式的玩法都不一样，玩家可以根据自己的兴趣来选择游戏的玩法。
1、奥特模式（ULTRA MODE）
初始游戏一共有10关，达成一定条件后还会追加新的关卡和人物。每一关与各原作中的大致情节相同，收录的都是各作中的经典战斗场面。对全系列比较熟悉的FANS来说，玩起来会有一种亲切感。如果是第一次接触奥特曼，本模式也是很有意思的。本模式也称为故事模式或剧情模式。
2、战斗模式（BATTLE MODE）
选择奥特曼或怪兽进行1VS5。初始可选人物有19位（10个奥特曼，9个怪兽）。如果选择奥特曼进行游戏，通关后会追加新的必杀技（后面具体说明）。每个角色都基本前4人随机，最后1个对手为剧情对手的模式，但是注意：圆盘生物、加坦杰厄、高斯奥特曼、雷杰多不会遇到。
3、对战模式（VS MODE）
使用各角色进行对战。分为对2P和对CPU。初始可选人物与战斗模式相同。
4、双打模式（DOUBLES MODE）
选择两名角色同时与一个敌人进行战斗（不能选怪兽）。想玩这个模式，你必须要有两个手柄才可以。
5、必杀技装备模式（CUSTOM MODE）
进入此模式后，可对奥特曼和怪兽的必杀技进行键位设定。每名角色选中后有4种必杀技装备方案。简单的说就是把你喜欢的必杀技调整到你常用的按键上（装备上），把不喜欢，不常用或威力较小的必杀技去掉。（不装备）各个角色的必杀技都有一个伤害值，S为最大，然后是A，依次类推。主力必杀技设在□△X○上，小光线、飞机和变身设定在附加键上（R1，L1，R2，L2）。为了游戏平衡，如果同时装备多个大威力必杀技的话，伤害值会降低。如果装备的必杀技种类丰富，放必杀的时候可选面比较宽（对手不好判断你的招数），需要的蓄力时间短；如果装备的种类少（单一），必杀技命中后的伤害值很高，但需要的蓄力时间长。如何装备自己角色的必杀技就要看各位的喜好了。
6、练习模式（PRACTICE MODE）
选择自己喜欢的角色和场景进行对战（对CPU）练习。游戏中按下START键可对CPU的各种状态进行设定。分别是CPU的行动状态（站、蹲、跳、防、攻），眩晕槽状态（正常，全满），反击状态（开，关），回到主菜单和重新选择角色。
7、教学模式（TEACHING MODE）
由佐菲教泰罗一些基本的战斗技巧。第一次接触本作的朋友或格斗游戏苦手的玩家应该先玩这个模式，在后面隐藏必杀与这个模式也有关。进入后，选择左边选项是开始教学，右边是退回到主菜单。
8、欣赏模式（VIEW MODE）
类似于百科词典的模式。在这个模式里我们可以对游戏中出现的各个角色（包括各战队的飞机）、游戏音乐、场景等进行欣赏。如果你玩累了，到这里来看看是个不错的选择。
9、重放模式（REPLAY MODE）
将玩家在战斗模式中的表现进行重放，并对录象资料进行删除和拷贝。
10、设置（OPTION）
进行游戏的基本参数设定。包括难度，时间，回合数，键位，振动，记忆卡管理等等。打出各种隐藏东东后别忘了来这里进行记录哟。（PS：可将记录方式设置为AUTO自动记录，比较方便）。有个小发现：每次进这里的时候，背景画面是不一样的，呵呵，想录音效的可以在SOUND里把BGM调成0就没有背景音乐了
1、奥特模式
2、战斗模式
3、VS模式(双人对战或打电脑)
4、双人合打怪兽模式
5、必杀技装备模式
6、练习模式
7、教学模式
8、欣赏模式
9、回放模式
10、设置
游戏中涉及到的奥特曼和怪兽非常多，想要获得全部的人物还需完成一定的任务。
佐菲：战斗模式中依照初代，赛文，杰克，艾斯，泰罗的顺序各通过一次后出现。
阿斯特拉：战斗模式中使用雷欧，这招击败所有奥特兄弟后出现。
爱迪：1奥特模式前18任务A级以上通关。2所有奥特曼都通过一次战斗模式。3所有奥特曼都通过一次十大据点。（注：以上3个条件不包括黑暗迪迦，邪恶戴拿，雷杰多和机械艾斯）
妄想赛文：奥特模式“雷德王复活宣言”和“激斗！爱迪对赛文”两关评级B以上出现。
阿古茹：使用盖亚(V2)在战斗模式中通关一次后出现。
杰斯提斯：奥特模式“高斯VS杰斯提斯”第1战用“高斯（日蚀型）”打赢“杰斯提斯”
达达：奥特模式初始任务全部A级以上通关后，同隐藏关怪兽标本一起出现。
哥莫拉：奥特模式“怪兽殿下”任务过关评级A以上出现。
雷德王：奥特模式“怪兽标本”任务中由雷德王击败初代后出现。
杰顿：奥特模式“再见奥特曼”中由佐菲击败杰顿后出现。
贝蒙斯坦：奥特模式“怪兽标本”任务中由贝蒙斯坦击败初代后出现
双尾怪：奥特模式“两大怪兽袭击东京”任务评级B以上出现。
巴克西姆：奥特模式“怪兽标本”任务中由巴克希姆击败初代后出现。
艾斯机器人：奥特模式“死刑！奥特五兄弟”任务中直接用艾斯机器人击败艾斯杀手后出现。
邪恶迪迦：奥特模式“影之继承者”评级 B以上通关后，在战斗模式中使用迪迦时会有一定几率遇到，击败后出现。
假戴拿：奥特模式“死斗！戴拿VS戴拿”评级B以上通关后，在战斗模式中使用戴拿会有一定几率遇到，击败后出现。
葛洛卡：在双人战斗模式中使用高斯和杰斯提斯一起通关一次后出现。
雷杰多：在“高斯VS杰斯提斯”一关中获得评价A以上获得。（自动保存不能保存，按F1可保存，如是自动保存只要再次过关即可重复出现）
□——普通攻击，连按为连续进攻，可配合方向键使出不同招数(飞踢等)，命中对手可使眩晕槽(HP下面的红槽)上涨。
△——重攻击，可配合方向键使出不同招数，命中效果比普通攻击好。
〇——超重击，释放必杀技所必须。按下后角色会使出超重攻击，命中对手后，根据对手眩晕槽值的多少，来决定自己必杀技的准备时间。此时可按相应按键来发出必杀技。
X——投技。与敌近身时按下后可使出摔投等技巧。如果按下后再按其他键便可使出不同种类的投，如过肩摔，过顶摔，龙卷式等等。
R1，L1，R2，L2是小技能，可以自己设定
一般情况下：
R1：可发出远距离牵制性光线，命中敌人可增加其不少眩晕值;
L1：召唤各战队飞机进行援护攻击(一次，增加对手的眩晕值，作用不大);
R2，L2：平成系奥特曼变换。(R2为变红，蓝，还原;L2为变蓝，红，还原;如果变红，按L2还原，如果变蓝，按R2还原。只限迪加，戴拿，盖亚V2和勒修巴斯)
方向键
上————跳，连按两下或轻点一下为顺时针移动，用来回避攻击
下————蹲，连按两下或轻点一下为逆时针移动，用来回避攻击
左————后退或防，连按两下为后手翻
右————前进或防，连按两下为跑(PS：跑中按X可使出“骑”)
START————游戏暂停或退出