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《王国之心：记忆之链》的游戏过程可以分为卡牌游戏、平台动作游戏和RPG三个部分。湮灭城堡中的多数房间都是根据《王国之心》中出现的场景设计的，并且会出现同样的敌人和朋友，当然也会有很多精细。本作在战斗方面采用了标准卡片战斗的改进方式，游戏中的卡牌可以分为两种基本类型，分别为于动作和道具相关的类型，以及于敌人相关的类型。
在进行游戏的过程中玩家会获得很多新卡牌。按A键就可以使用卡牌，在攻击敌人时，卡牌上面所标的数值决定攻击的成功率。如果一开始就有很多卡牌，你还可以将3张牌组成一组，这样就可以使用连续技。在玩家探索城堡的过程中，卡牌还有很多种功能。
例如你要收集很多牌才能打开门进入新区域。除了卡牌系统外，本作的其他方面与一般RPG没有什么不同，玩家通过战斗升级，可以提高Sora的HP、卡片值以及组合卡片的特殊技能。