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蓝色警戒3是一款Cypron Studios开发的科幻即时战略新作，所讲述的故事已经从前作中的地球转移到了一个名为“Nakira”的星系。往日的战争硝烟已经散去，迎接玩家的将是一个全新的世界。
故事背景
经过几个世纪不断地奋斗、战争和混乱，人类终于联合起来建立了七大洲联合同盟――UFSC。同盟中的每一个成员国必须建立一个单独的军事团体，以此来保卫地球，捍卫和平。这样所有的成员国就会为了一个共同的目标而努力了，不会再为他们的个自的利益而争斗。
在几年的时间内，UFCS创建了一个全球的防御网络系统――“超级防线”。事实上它是一个高级的智能计算机――由上百个科学家管理着。它由智能软件控制，并由22个军事基地组成。这样，机器就不再是人为控制的了。但是，要运行“超级防线”必须经过UFCS的每一个代表的同意。
可是，这样全球人民没有应尽的义务，人们的精神极度空虚，于是出现了很多可以寄托人们精神追求的组织，其中最有影响力的是BEHO-SUNNS 。
这群信徒的领导者们用他们各自的魅力和似是而非的华丽演说去吸引越来越多的人。他们的忠实信徒渗透到了工人、科学家、政治家和律师及其他更广泛的领域。但是，在背后却隐藏着想得到“超级防线”的邪恶计划。没有一个BEHO-SUNNS的信徒知道在他们做礼拜时，他们的领导者暗中搜集了他们的思想。几年后，BEHO-SUNNS发现了大量关于超级防线的内部结构，于是他们决定开始实施他们的计划了…...
这样，战争就爆发了。BEHO-SUNNS的领导者们企图仅用广泛的防火墙保护就吞掉超级防线，但是他们失败了。结果是毁灭性的。全球的防御系统都发生了故障。
BEHO-SUNNS的人们很快从失败中恢复过来，开始侵占无防备的军事基地。必须阻止他们！为了阻止他们，U.F.S.C.开始发动了"蓝色警戒"......