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游戏剧情紧接一代，但有虎头蛇尾之嫌，而且流程太短，部分迷宫太简单，结尾交待太让人看不懂，有损大作的名声。除了继承一代的一些优点及感人的片头CG之外，没有太多的亮点。
仙剑的故事之所以能比其它游戏还能够引起玩家的共鸣，就是因为它的故事围绕着一个主旨上，那就是“情”，《仙剑奇侠传》一代的主旨是在于“宿命”，而二代的中心主旨则是“宽恕”，经过这么多年是唯一不曾改变的。所谓的宽恕，不一定是原谅了仇人就叫宽恕，有些是仇恨没错，有些是迷惘，有些则是痴情，而有些是误会，当所有仇恨、迷惘、痴情或误会真相大白、真情流露，使人悟得更深一层的道理，对于世间的人事物其看法或认知有完全不同的理解时，也何尝不是一种宽恕的表现啊！
基本上，二代的故事是在一代故事结束的八年之后，而二代的男主角就是跟李逍遥同一个村子的王小虎，还有李逍遥的女儿李忆如，以及另外两个女主角，四个人交织出一段错综复杂的故事来。当然，也有一些一代的主角以及全新的人物会在二代中出现，准备将前后两代发生过以及即将发生的感情、恩怨等纠葛，作一个完整的交代。
仙剑奇侠传二的美术呈现
“仙二”原本在2D与3D的呈现方式之间一直僵持不下，后来一度决定以3D方式呈现，连3D主程序都已经开始开发，但是最后还是决定改回2D的方式来制作“仙二”，因为我们认为2D刻画修绘的感觉还是最能完美地诠释仙剑唯美的视觉感觉，而为了这个决定，我们又放弃了不少已经制作好的场景跟人物模型，这也使得仙二必须多等一些时间才能跟大家见面。
“仙二”支持了鼠标、键盘、摇杆这几种操作方式，不再坚持只有键盘，而且我们还特地为三种操作方式都作了最佳化的设计，接口上也保留了一代让玩家轻易上手的优点，绝对有过之而无不及。
“仙二”的战斗依旧保持45度斜向视角，以及回合制的游戏方式，维持仙剑优秀的传统与风格，但是在攻防、动作、召唤等部份作了相当幅度的变更，务求更流畅、刺激的战斗效果和感受！
侠骨柔情 唯美再现
二代故事是开始于一代结束的八年后，当初与李逍遥住在同一个村子的邻居—王小虎，已经是一位十八岁的成熟青年。想当年年纪虽小，却很有孝心，不怕风浪独自上仙灵岛为父求药的事迹一直让大家们津津乐道，个性坚毅刚强，做事执着且有决心，从小视逍遥为偶像，虽然逍遥后来未收小虎为徒，但小虎心中笃定要成为如李逍遥一样的大侠，名满江湖、除魔卫道，是永远不变的目标。
此时的神州大地，因为八年前锁妖塔崩毁，万千妖魔尽出，天下大乱，幸有一位得道高僧—千叶禅师的出现，广纳门徒成立大慈悲明宗，四处传道布施、救灾救人，与蜀山仙剑派掌门人李逍遥同为正道的两大领袖。另一方面，魔族掌旗使孔璘，也趁机扩展势力，进行一项可怕的阴谋，意图染指人间。
王小虎与三位女主角便是在这样的一个时空背景，交织出一段充满亲情、友情、爱情的传奇故事。到底王小虎是如何踏上旅程、和几位女主角是如何结识且发生动人情事、如何卷入一连串安排好的阴谋中而不自觉、又如何在千叶禅师的帮助下，对抗那可怕的魔头孔璘……