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BioEdit 是一款专业强势的分子生物学应用软件,可以完成核苷酸序列和蛋白质序列进行所有常规的分析操作,如:序列比对、序列检索、引物设计、系统发育分析等,和 DNAMAN。
手动对齐的四种模式：选择和滑动、动态抓取和拖动、鼠标单击的间隙插入和删除、以及像文本编辑器一样的屏幕上打字。
在颜色对齐和编辑与单独的核酸和氨基酸颜色表和全面控制背景颜色。
质粒绘图接口，用于从DNA序列自动创建质粒载体图形。容易标记位置，添加箭头和曲线框的特征，并标记限制性酶切位点。还显示了详细的多联结和绘制可移动的箭头和形状与绘图工具。
基于动态信息的对齐阴影。
点选彩色表编辑
显示和打印具有专业外观输出的ABI色谱图。
将序列分组为组或家庭。
用于同步手对齐调整的分组序列的锁定对准。
在对齐窗口中用动态视图注释图形序列，包括特征注释信息工具提示。
锁定序列以防止意外编辑。
指定在氨基酸和核苷酸序列中被认为有效的字符。
在选定的列中按名称、轨迹、定义、加入、PID / NID、引用、注释或剩余频率排序序列。
通过引用序列合并对齐。
将一个对齐方式附加到另一个结尾。
基本系统发育树查看器(用于PHYLIP格式树)，允许节点翻转和打印。
在单序列编辑器中口头读取序列，以验证手写类型的序列条目。
读写GenBank、FASTA、PHYLIP 3.2、PHYLIP 4和NBRF/PIR格式。现在还读取GCG和Clustal格式
利用Don Gilbert的RealSeq自动导入和导出11种附加格式，包括MSF、ASN.1、IG/Stanford和Enbl。
允许直接从剪贴板导入兼容格式，而不必先保存到文件中。
编辑器窗口的快捷菜单的自定义定制
RNA对比分析，包括协变、潜在配对和互信息分析(目前能够产生矩阵多达10000×10000 -但这将是一个600 + MB文件)矩阵绘图仪的2-D矩阵输出表和面积绘图的个别行的数据M阿特里克斯矩阵绘图仪和线图都有点和点的数据选择，矩阵绘图仪和矩阵数据的一维线图现在是动态链接的。
用绘图仪查看非常大的矩阵的截面(测试到5183×5183矩阵=180 MB文件)
查看和操作对齐多达20000个序列。
二进制文件格式(BioEdject项目格式)用于快速打开和保存大排列——原核16S rRNA比对(29 MB文件)的6205个序列在233 MHz奔腾下不到10秒打开和保存。
用户自定义偏好的ORF搜索
带密码子使用的核酸序列的格式化翻译，选择一个或三个字母的氨基酸编码，仅选择核酸的区域的翻译，以及起始/终止密码子的选择
用于同步和同步编辑同一文件中的两个不同位置的拆分窗口视图——垂直或水平分割窗口
氨基酸和核苷酸组成分析及绘图
通过氨基酸翻译对齐蛋白质编码核酸序列。
CulsSTW多序列比对(接口内部，外部程序由DES希金斯et al.)与对齐的蛋白质全标题和GenBank字段信息的自动更新，以及核苷酸序列编码时，从蛋白质序列的核苷酸序列。
蛋白质疏水性/亲水性图
蛋白质疏水矩矩阵图(0～180)
在编辑窗口中可供选择的系统字体
限制或任何框架翻译，多酶选择和输出选项，循环DNA能力
制造商浏览限制性内切酶
长度至少4.6 Mb的序列可以被操纵(迄今为止测试的最大序列是大肠杆菌基因组(4.6 MB)——大肠杆菌被打开，反向互补，翻译成10125个密码子延伸>100个氨基酸，并以完整的GenBank注释打开和保存)。
六个框架翻译能够对整个基因组进行原始翻译(用大肠杆菌基因组测试，约4.6 MB)。
保存GenBank格式的EntZEX文件，包含轨迹、定义、登录、PID、NID、DbS源、关键字、源、引用、注释和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多个序列文件保留任何输入信息。此信息也保存在BIOGEDIT项目文件格式中。
通过BIGEDGE图形应用配置接口配置和运行附件应用程序。
打开 BioEdit 的序列，选中要复制的序列。
在Sequence中选择Extract Positions。
输入起始位置和结束位置，点OK。
键盘按Ctrl+C进行复制，新建一个文件，在File中选择Import from Clipboard。或者直接复制到记事本中。
打开 BioEdit 软件，将序列粘到文本文档中，如：“sequence1”，注意用fasta格式：
依次点击BioEdit软件的"file>open>"将“文本文档 sequence1”打开：
选中“sequence1”后，选中标题栏中“sequence”>"Nucleic Acid">"Restriction Map"
在新的界面中选择“Generate Map”
在出现的界面中，即是分析得到的酶切位点图，可以显示每个酶切位点在序列中的位置，拖滚动条到最下面，可以看到酶不能切割的酶切位点。
可以调整显示效果，需要对结果进行调整标注： File—save as
Txt格式可以对结果进行编辑