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MRIcro可以查看医学图像，如磁共振成像和计算机断层扫描。它可以显示2D切片、3D切片以及4D数据的图形，包括来自可视人类项目的头部照片，这是一款提供直观的方式来学习大脑解剖学的软件。
加载图像和主信息面板
MRIcro可以浏览各种各样的图像格式，包括SPM分析格式。分析格式的图像包括两个部分：一个是包括原始图像资料的img格式文件和一个描述图像维度的hdr格式的文件。MRIcor的住信息面板显示了头文件的信息和一系列的按钮这样你就可以打开浏览头文件。
Open Analyze format hdr/img pair这个按钮是你能有留言Analyze或者NIfTI格式的图像。当你按下这个按钮的时候，一个是你选择头文件去打开的对话会出现。MRIcro这时候就会试图打开一个邮箱头名字的图像文件。
lice浏览面板
slice浏览面板是你可以选择加载映像文件的表象。滑动选择要显示的片。(你可以在滑动条右边的编辑框编辑，或者请按Fn1/Fn2来观察连续的上一个或者下一slice，也可以用鼠标的滚轮来切换，如果有的话~~)。
1、将flair像的所有图片放到一个文件夹里，命名为A
2、打开MRIcro软件
3、点击“Import”在下拉框中选择“convert foreign to analyze”(从上往下数第三个)
会出弹出中间的对话框，在第一个框里{number of files}输入文件夹A里的图片的个数，本例中为18个
MRIcron软件可以显示NIFTI图像
MRICron软件的dcm2niigui.exe插件可以将其他格式的文件转换为nifti格式，反之也可以转换：
当然，如果你熟悉MATLAB软件也是可以通过这款软件打开文件的
而且MATLAB软件这款软件还可以显示、保存、制作核磁共振图像：
脑成像数据主要有DTI、fmri、3D三种模态。这些数据在分析前都要进行格式转换，不同公司的扫描仪存储格式也不尽相同。脑成像处理软件也很多，不同软件使用的格式也不一样，所以数据转换是脑成像数据处理的第一步，必须非常清楚。这里主要以siemens的机器为准，介绍在windowx下的MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换.
从扫描中心下载的原始数据是以dicom数据格式存在的压缩文件，解压后，得到原始文件。来自siemens的扫描仪的原始文件以“IMA”下为后缀。对于功能像(fMRI)的数据，有多少个TR就有多少个IMA图像文件，即每个IMA文件就是一个完整的volume;对于DTI数据，有n个方向，有m个b0像，就有n+m张IMA图片，即n+m个完整的volume。当然有的DTI数据有的只有一个b0像，有的有6个b0像之多。对于3D结构像数据，如果扫描了128层，就会有128张IMA图像，每张图像就是一张slice，不是volume。
数据转换后，主要有spm2之前使用的Analyze格式，以及fsl和spm5和spm8使用的NifTI_1格式。Analyze格式是成对的hdr和img文件表示一个3D的volume，而NifTI_1格式可以是3D也可以是4D的，同时可以是hdr和img成对文件，也可以是NifTI_1的nii一个文件。如下：Spm2使用3D Analyze hdr/img;spm5和spm8使用3D NifTI hdr/img.fsl使用NifTI_1的4D的nii格式。
目前数据转换主要有MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换。
现在一一介绍一下：
在MRIcron的安装目录下，有一个dcm2nii.exe和dcm2niigui.exe，并且分别有：dcm2nii.nii和dcm2niigui.nii两个配置文件。dcm2nii.exe是Dos的命令行操作，而dcm2niigui.exe是图形界面。我们首先看一下配置文件，用Notepad软件打开，找到一下参数设置：
ManualNIfTIConv=1
EveryFile=1 #“1”目录下所有文件都要进行转换
[INT]
MinReorientMatrix=255 #这个参数设置为255，不要改动
MaxReorientMatrix=1023
其他的参数可以不用管，后面打开界面的时候还可以进行设置。点击dcm2niigui.exe，就打开了界面。
首先在output format中选择输出格式：spm5(3D NifTI hdr/img)或者conpressed fsl(4D NifTI nii)格式。
然后在下拉菜单help中点击reference，设置输出文件的名字，确保把不同被试的数据区分开。另外一定勾上进行图像的reorient。这个参数比较重要，确定MinReorientMatrix=255后，这个参数表示只对3D结构像进行reorient.DTI和fMRI数据本身不能进行reorient，这会破坏DTI和fMRI数据的图像信息。DTI和fMRI数据的纬度都小于255。3D结构像一般是256×256 matrix，fMRI 是64x64matrix 和DTI是128x128matrix。另外一个参数Recursive Folder Search Depth意思是递归转换文件夹下几级的文件夹中的数据。如“5”则表示当前文件夹下的5级文件夹的数据也要一起转换。这个可以根据你自己存放数据的结构填写。
然后从下拉菜单file中选择DICOM to NifTI,浏览到原始数据所在文件夹，然后点击确定，就开始进行数据转换了。dcm2nii转换完后，3D结构像生成原文件、o开头、co开头的文件。其中o开头的文件主要是进行了reorient的，而co是经过切割了neck的。一般用于空间normalize都选用co开头的文件。Fmri的文件数是TR number乘以2,而DTI文件数则是(m+n)*2.