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支付宝与国内外180多家银行以及VISA、MasterCard国际组织等机构建立战略合作关系，成为金融机构在电子支付领域最为信任的合作伙伴。
2016年5月31日，支付宝与深圳人社局合作上线的医保移动支付平台，开始在深圳 6 家医院落地试运行[2] 。8月，支付宝与微信同获香港首批支付牌照，意欲争夺新市场[3] 。9月，宣布支付宝自2016年10月12日起，将对个人用户超出免费额度的提现收取0.1%的服务费，个人用户每人累计享有2万元基础免费提现额度[4] 。
11月1日支付宝入驻苹果App Store[5] 。中国大陆用户已经能在App Store的付款方式和充值两个地方看到支付宝的加入，可以用于购买应用，给账户充值，或给Apple Music等订阅服务付费等。
12月6日，支付宝宣布，已与欧洲4家金融服务机构签署合作协议，致力于为赴海外旅游的中国消费者提供服务。此举有望将支付宝在国外的合作零售店数量扩大近9倍。
[6] 2017年3月15日晚，支付宝针对央视315晚会曝光的人脸识别漏洞发表声明称，支付宝只对在当前手机上用密码登录成功过的用户才开放人脸登录。
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